En 2006, à la demande de la Commission scolaire francophone du Yukon, deux chercheurs de l’Institut canadien de recherche sur les minorités linguistiques proposent un programme d’enseignement secondaire en français pour le Yukon, capable de se mesurer avec les programmes secondaires anglophones.

Après s’être approprié le contenu du rapport déposé par les chercheurs Johnson et Landry, l’École Émilie-Tremblay a développé son nouveau programme secondaire qu’elle a nommé Académie Parhélie (un parhélie est un phénomène optique spectaculaire qui fait apparaitre trois soleils dans le ciel grâce à l’interaction de la lumière solaire sur les cristaux de glace). L’Académie Parhélie a vu le jour en 2007 et des consultations sont entamées pour trouver des solutions au manque d’espace.

En février 2009, un recours judiciaire est déposé par la Commission scolaire francophone du Yukon contre le gouvernement du Yukon afin d’obtenir l’application de la pleine gestion scolaire.

En 2016, la phase de planification pour la construction d’une école secondaire francophone est enclenchée; une demande de financement a été déposée à Patrimoine canadien au printemps pour financer les composantes communautaires et la firme d’architectes Kobayashi & Zedda a été embauchée pour développer le design initial de l’école.

En avril 2017, le gouvernement du Yukon confirme que la nouvelle école secondaire francophone sera construite sur la réserve éducative de Riverdale. En novembre, le gouvernement fédéral annonce qu’il investira jusqu’à 7,5 millions de dollars ce qui confirme la construction des espaces communautaires et que l’école sera un centre scolaire secondaire communautaire francophone.

En décembre 2018, une firme locale, Ketza Construction, a obtenu le contrat de conception-construction pour la construction du centre scolaire. Les travaux de construction débutent en avril 2019.

Le 12 mars 2020, signature d’une entente de règlement entre la CSFY et le gouvernement du Yukon qui met fin au recours judiciaire entamé en 2009.  L’entente clarifie les rôles et responsabilités de la CSFY et du ministère de l’Éducation en lien avec l’éducation en français langue première.

En mai 2020, lors de la Journée de la francophonie yukonnaise, le nom Centre scolaire secondaire communautaire Paul-Émile-Mercier (CSSC Mercier) est dévoilé. Le choix du nom de notre centre scolaire communautaire a été fait suite à un concours auprès des élèves de la CSFY et de la communauté. Un élève de notre programme a proposé ce nom puisqu’il y avait vu une source d’inspiration dans le parcours de M. Mercier. Paul-Émile Mercier a laissé sa trace au Yukon en tant qu’ingénieur francophone. Il a aidé à l’aménagement des routes et des voies navigables au début du XXe siècle. Il a dirigé, entre autres, des travaux de dynamitage dans les rapides Five Finger, afin de les rendre moins dangereux pour les navigateurs. Le nom de Mercier est associé à plusieurs fonctions importantes : arpenteur-géomètre du Québec, professeur à l’École Polytechnique de Montréal, sans compter sa participation comme membre de nombreuses sociétés et associations. Le fait qu’il ait laissé sa trace au Yukon et qu’il ait également au cours de sa carrière porté le titre d’ingénieur et de professeur, fait du parcours de Paul-Émile Mercier une référence inspirante pour notre centre scolaire secondaire communautaire.

Le 13 novembre de la même année, 85 élèves de la 7e à la 12e année ont leur premier jour de classe au CSSC Mercier.

En raison de la COVID-19, la cérémonie d’ouverture est reportée. C’est le 27 aout 2021 que l’inauguration officielle a lieu en compagnie de dignitaires et membres du personnel de différents ministères et organismes de la communauté et des 122 élèves inscrits au CSSC Mercier pour l’année scolaire 2021-2022.